La commune des Eaux-Vives est créée par un arrêté du 13 juin 1798 instituant une administration municipale des communes sur le territoire genevois. Le premier maire des Eaux-Vives est le peintre Jean-Pierre Saint-Ours. Lors du départ des troupes françaises, la Constitution de 1814 laisse subsister le régime des communes établi précédemment.
Autour de 1815, les Eaux-Vives comptent plus de 900 habitants. La majorité de ceux-ci sont protestants.
Jusque vers 1830, la commune n'entame pas de grands travaux; il s'avère cependant nécessaire d'améliorer l'éclairage public dès ces années et des mesures sont prises dans ce sens. Une souscription est organisée en 1838 en vue de construire une église; le nouveau temple est inauguré en 1842. La révolution de 1846 a d'importantes incidences sur la vie communale, notamment en ce qui concerne les nouvelles charges incombant à la municipalité: traitements de l'instituteur et du pasteur, entretien de l'école et de l'église.
Avec la loi de 1849, les anciennes fortifications sont supprimées autour de la Ville; de ce fait, la rue des Eaux-Vives et de la Terrassière deviennent des prolongements de la Ville elle-même. La question de la fusion commence déjà à se poser. Dès les années 1860, les signes d'une urbanisation progressive sont manifestes. Vers 1880, la Ville et les communes de Plainpalais et des Eaux-Vives s'unissent pour la construction d'un réseau d'égouts collecteurs sur la rive gauche. A la fin de la décennie, la pemière ligne de chemin de fer (Rive-Annemasse) sur le territoire des Eaux-Vives entre en service. La commune compte alors environ 12'000 habitants.
Le début du siècle constitue une ère de prospérité pour les Eaux-Vives: la création de l'avenue Pictet-de-Rochemont provoque de nombreuses constructions, les chemins se transforment en rues, la nouvelle mairie est bâtie dès 1907 sur les plans de Léon Bovy. En 1912, la municipalité, par l'intermédiaire du maire John Gignoux, émet des offres en vue du rachat d'une propriété qui deviendra le Parc des Eaux-Vives par la suite. Celle-ci entre en possession de la commune en 1913.
Durant la guerre, la situation économique est difficile et un important endettement est consenti pour subvenir aux nombreuses familles en difficulté. Suite à cette démarche, une nouvelle taxe municipale est instaurée en 1919.
C'est dans les années 1920 que prend place le processus de fusion avec la Ville. Une première votation a lieu en 1926, au cours de laquelle les Eaux-Viviens repoussent cette éventualité. C'est lors d'une seconde votation, en 1930, que la commune des Eaux-Vives est contrainte de s'inscrire dans la « Grande Genève ».
