En mai 1992, après une période de transition, le CAG décide de changer de cap artistique. Il modifie sa dénomination, et oriente différemment son répertoire. Après trente ans d'activité, le Collegium Academicum se nomme désormais L'Orchestre de Chambre de Genève (LOCG). La formation est resserrée autour d'un noyau de musiciens professionnels (37 postes fixes) pour interpréter un répertoire plus ciblé sur la musique de chambre. Le nouvel OCG donne une orientation plus populaire à son répertoire en interprétant moins d'oeuvres contemporaines ou méconnues (celles-ci n'étant appréciées que par un public restreint d'initiés).
A Pâques 1997, c'est Thierry Fischer qui quitte la direction de l'OCG pour un engagement à Amsterdam. Le russe Lev Markiz est élu directeur artistique à sa succession. Le nouveau chef donne à son programme un accent slave très marqué. Il décide de réunir les oeuvres de compositeurs russes du XXe siècle, complétées par une ou deux pièces destinées à mettre en valeur les solistes, et donne un dernier concert entièrement dévolu aux romantiques allemands.
Pour sa deuxième saison à l'OCG (1998-1999), Lev Markiz annonce cinq concerts d'abonnement dont chacun d'entre eux doit être placé sous un thème spécifique. Lors de chaque concert, une pièce contemporaine est accompagnée d'oeuvres du grand répertoire. Les solistes, jeunes et nouveaux pour la plupart, doivent s'engager à interpréter une oeuvre moderne et une oeuvre classique. En revanche, cet avant-programme est marqué par deux incertitudes : l'OCG ne peut plus disposer de la salle de répétition qu'il a inaugurée aux Casemates en février 1988 (suite à la destruction de ses locaux lors de l'incendie du Palais Wilson en 1987) ; et les fonds nécessaires pour la mise au point du nouveau programme ne sont pas encore trouvés.
Pour la saison 1999-2000, l'OCG se réorganise administrativement. Les bureaux déménagent de leurs locaux provisoires, situés à L'Asse (dans les locaux du Paléo-Festival) depuis l'incendie de 1987, pour revenir à Genève. Un nouveau comité se forme. Et une nouvelle salle de répétition est mise à disposition au Centre culturel de Saint-Boniface.
Lev Markiz met un terme à son mandat à la direction de l'OCG en décembre 2000. C'est Michael Hofstetter qui le remplace dès l'année suivante. Sous l'impulsion de ce dernier, l'OCG développe une approche plus historique privilégiant un répertoire qui s'étend du baroque tardif à l'époque romantique, avec l'utilisation, entre autres, d'instruments d'époque aux côtés des instruments modernes. Ceci permet à l'ensemble de faire découvrir au public des compositeurs méconnus ou oubliés et même de les confronter avec des compositeurs contemporains.
En 2008, L'OCG devient une fondation et voit l'arrivée d'un nouveau directeur musical, le jeune chef allemand Patrick Lange, 27 ans, qui prend la succession de Michael Hofstetter. Cette saison 2008-2009 est également marquée par la signature d'une convention tripartite entre l'ensemble musical, la Ville de Genève et l'Etat. Cette convention assure le financement de l'OCG pour les quatre années suivantes.
L'aventure genevoise de Patrick Lange ne dure qu'un an et il est remplacé en septembre 2009 par un duo : David Greilsammer devient le nouveau directeur musical alors que Pascal Grimoin prend en charge le poste de directeur artistique.
Invité à plusieurs reprises depuis 2010, le néerlandais Arie van Beek prend la tête de l'OCG pour la saison 2013-2014. La convention tripartite entre les autorités genevoises et l'ensemble musical est renouvelé à cette occasion et assure du même coup la pérennité financière de l'OCG jusqu'en 2016.
