Fondé en 1990 par le comédien et metteur en scène colombien Omar Porras, le Teatro Malandro s'établit dans un premier temps au "Garage", un squat situé rue Adrien-Lachenal. Les missions principales que se fixe le Teatro Malandro sont la création, la recherche théâtrale et l'enseignement. La troupe Malandro se fait connaitre grâce à l'originalité et la créativité de son metteur en scène. Celui-ci se base sur différents médiums artistiques comme la danse, la musique, les masques, ainsi que les mouvements du corps. Ces différents moyens d'expression ainsi que l'art de la scène de chaque comédien amènent à un résultat unique, propre à Omar Porras. Il commencera rapidement à mettre en scène des adaptations de nombreuses pièces. Entre 1991 et 1994 sont présentés en Suisse romande: "Ubu Roi" (1991 et repris en 1993) de Alfred Jarry, "La Tragique histoire du Docteur Faust" (1992), de Christopher Marlowe ainsi que "La Visite de la vieille dame" (1993-1994) de Friedrich Dürrenmatt. A partir de ce moment-là, Omar Porras commence à présenter ses créations en Allemagne, en France et en Amérique latine. En 1995, le Teatro Malandro reprend une oeuvre de William Shakespeare, "Othello". Cette même année, la compagnie déménage et s'installe aux anciens ateliers de Sécheron, à Genève. La première pièce créée dans ces nouveaux locaux est "Strip-tease" (1997) de Slawomic Mrozek. Quelques mois plus tard, une nouvelle production est présentée, les "Noces de Sang" (1997-2000), de Federico Garcia Lorca. Pour cette pièce, le Canada et le Japon vont également accueillir Omar Porras et le Teatro Malandro. Puis une oeuvre antique est reprise, "Bakkhantes" (2000), de Euripide. S'en suit "Ay! Quixote" (2001-2003) de Miguel de Cervantes. La troupe repart en tournée internationale. A son retour en 2003, la compagnie doit quitter le site de Sécheron et s'installe alors au Forum Meyrin, à ce moment-là dirigé par Jean-Pierre Aebersold. Peu de temps après, une nouvelle production voit le jour, "L'Histoire du soldat" (2003), d'Igor Stravinski et Charles-Ferdinand Ramuz qui, fait nouveau, est accompagnée par l'ensemble Contrechamps. Omar Porras décide ensuite de reprendre la pièce de Dürrenmatt "La Visite de la vieille dame" (2004-2005), dix ans après la première version. La troupe part à nouveau pour une tournée internationale qui la fera passer, entre autres, par L'Ile de La Réunion en 2004. Entre 2005 et 2007, Omar Porras met en scène les oeuvres "El Don Juan" (2005-2006) et "Maître Puntila et son valet Matti" (2007).
Le Teatro Malandro a été confronté depuis le début de sa création aux difficultés posées par le manque d'infrastructures qui lui soient propres. Ceci a mené le théâtre à déménager à plusieurs reprises, tout en étant confronté aux mêmes difficultés de centralisation de ses activités. Au bout de vingt-et-un ans d'existence le Teatro Malandro a changé une nouvelle fois de résidence et s'installe en août 2012 à la Cité-Bleue dans le quartier de Champel à Genève. D'un point de vue financier le Teatro Malandro est subventionné par la Ville et l'Etat de Genève, Pro Helvetia, ainsi que par la Commune de Meyrin. Le théâtre a fondé l'association "Teatro Malandro" le 5 octobre 2006 à Genève permettant un rapprochement avec le public.