L'association Pro Filia a été créée en Suisse en 1896, à Fribourg. Sa fondation est indissociable du contexte social dans lequel elle a vu le jour. La fin du XIXe siècle se caractérise par l'industrialisation de la Suisse, qui a pour conséquence un exode rural massif, une part importante de la population allant s'installer dans les villes. En particulier, un nombre non négligeable de jeunes filles (14-15 ans) sont conduites à aller gagner leur vie dans les villes. L'association protestante des "Amies de la jeune fille" s'occupait déjà, depuis 1871, de venir en aide à cette catégorie de la population. Sur la base de cet exemple, Mme de Reynold, la première présidente de Pro Filia, décida de fonder une association catholique poursuivant le même objectif, d'abord intitulée "Oeuvre catholique pour la protection de la jeune fille", puis "Pro Filia". Le but de cette association est initialement de conseiller les jeunes filles migrantes, et de s'occuper de leurs conditions de travail.
En 1897, l'association, qui est née en Suisse, se transforme en association internationale, l'association suisse devenant à cette occasion une branche de l'association internationale. A mesure que son rayon d'action s'étend, Pro Filia précise ses objectifs. Parmi ceux-ci, on relève notamment : 1. L'accueil des jeunes filles en gare ; 2. Les foyers d'accueil des jeunes filles ; 3. L'assistance dans la recherche d'un travail ; 4. Les colonies de vacances. En 1902, seul Schaffhouse, canton à majorité protestante, ne compte pas de comité local Pro Filia. L'association s'occupe également, dès cette époque, du "relèvement moral" des jeunes filles "que ne peuvent pas recommander les bureaux de placement".
Aujourd'hui, l'association Pro Filia, s'occupe essentiellement de placement de jeunes filles au pair, d'aide en gare, elle organise également des échanges linguistiques entre différents pays.
