C'est en 1915, au début du premier conflit mondial, que des jeunes gymnastes décident de fonder à nouveau un groupement de gymnastique au Petit-Saconnex, grâce à l'appui de l'Association des intérêts Saint-Jean - Charmilles et de la commune du Petit-Saconnex, encore indépendante de la Ville de Genève. Le groupement est admis l'année suivante dans la Société fédérale de gymnastique (SFG, fondée en 1832) et l'Association cantonale genevoise de gymnastique (ACGG, fondée en 1873). Le premier comité est présidé par Henri Guignard et compte deux dames, puisque la société est alors mixte. Les deux sections - les dames et les actifs hommes - sont dirigées par un seul comité. Pendant cette période, lors des assemblées générales, un côté de la salle est réservé aux jeunes filles et l'autre aux jeunes gens. Ce n'est qu'en 1918 que les dames se constituent en sous-section avec un comité particulier, puis, en 1919, en société autonome.
D'autres sous-sections sont créées par la suite : les pupilles en 1917, les pupillettes en 1943 (rattachées à la Société de gymnastique des dames du Petit-Saconnex), les gyms hommes en 1919, proposant un cours de culture physique pour les messieurs (les activités des gyms hommes reprennent en 1932 après une interruption). Dès 1930, le Gym-Saconnésien, journal de la société, crée un lien entre les différentes catégories de membres. En 1932, après la fusion des communes suburbaines, la section adhère à l'Union des sociétés de gymnastique de la Ville de Genève.
Le logotype de l'association reprend la croix symbolisant les quatre « F » (Turnerkreuz) de la devise de la gymnastique : "Fier, Fort, Franc, Fidèle". Le premier concours de classement de la section a lieu en 1916. La bannière est inaugurée en 1920, avec le parrainage de la section de Plainpalais ; un fanion pour la classe des pupilles est inauguré en 1937. En 1915, les leçons ont lieu dans un pré, et les réunions au rond-point de Saint-Jean, avant que l'usage de l'école de Saint-Jean ne soit accordé à la section, qui bénéficie également d'un local d'été à l'avenue Gallatin (à l'angle du chemin François-Furet), avant de transférer ses activités à l'école de Trembley en 1950 ; les gyms hommes se réunissent déjà non loin de là, à l'école des Asters, dès 1939.
Plusieurs membres de la section sont appelés à exercer des charges au niveau cantonal et fédéral : on compte dans ses rangs notamment le créateur à la fois du service cantonal du contrôle médico-sportif et du tchoukball, un vice-président de l'Union romande de gymnastique, un membre du comité central de la SFG, un président central de la SFG, des présidents de l'ACGG, un président technique cantonal, un président de la commission cantonale de jeunesse et un responsable de l'enseignement postscolaire de la gymnastique et des sports.
La section participe à de nombreuses manifestations sportives à Genève, en Suisse et en France, qui sont autant d'occasions d'excursions pour ses membres. Elle y obtient plusieurs distinctions. Elle s'associe également à l'organisation de fêtes de gymnastique, dont la 58e Fête fédérale de gymnastique à Genève en 1925, les Championnat cantonaux de gymnastique et la 4e Réunion cantonale des pupilles au stade de Varembé en 1929 et, avec la section des Pâquis, la Fête internationale au Parc des sports des Charmilles en 1939, destinée à raffermir les liens d'amitié qui existent entre les gymnastes genevois et leurs camarades français. Par la suite, les gymnastes du Petit-Saconnex et des Pâquis se rendent à Lyon en 1941 pour rapatrier la bannière de la Fédération des sociétés de gymnastique de la région du Sud-Est. Si la Seconde guerre mondiale ralentit les activités de la section en l'absence de ses actifs appelés sous les drapeaux, le vide est comblé par l'enseignement préparatoire de la gymnastique et des sports, réservé aux jeunes gens suisses âgés de 16 à 20 ans. Cette activité permet le recrutement de jeunes membres et, du reste, est représentative de la SFG, qui encourage tant l'activité sportive que la camaraderie et le dévouement à la patrie. A côté de la culture physique, qui se décline sous la forme de cours, de jeux (la section comporte successivement une équipe de basket-ball et de handball) et autres concours, les membres de la section se réunissent à l'occasion de fêtes annuelles, « soirées choucroute », arbres de Noël et autres fêtes de printemps ou d'automne. La société est aussi associée aux différents événements de la vie genevoise, dont le 1er juin, le 1er août, les fêtes de Genève et la cérémonie à la mémoire des soldats.
Les anniversaires de la section sont également dignement célébrés : en 1925, pour le 10e anniversaire, la section organise un concours de classement, un cortège, un vermouth, une soirée annuelle et une soirée choucroute ; en 1930, pour le 15e anniversaire, un concours de classement ; en 1935, à l'occasion du 20e anniversaire, une conférence, une kermesse, une soirée et un banquet ; pour le 25e anniversaire, en 1940, un festival avec soirée littéraire et bal, puis une choucroute. Pour son 30e anniversaire, en 1945, la section organise la 16e Réunion cantonale des pupilles et pupillettes, un « match triangulaire » avec la section Bernex-Confignon ainsi qu'une soirée ; le 40e anniversaire, en 1955, est à nouveau l'occasion d'organiser la Fête des pupilles, une soirée et une loterie. Pour le 100e anniversaire la section organise une journée d'animations avec quiz, exposition, babyfoot humain, tchoukball, unihockey, danse et démonstration de mini-trampoline, ainsi que buvette et grillades.
